La estructura organizativa del Instituto está compuesta por la Dirección Superior, que la integrarán la Junta Directiva y la Dirección General.

Dependerán directamente de la Junta Directiva la Dirección General, la Auditoría Interna y la Contraloría de Servicios. Serán subordinados de la Dirección General las Unidades de Servicios Jurídicos y de Desarrollo Institucional, así como el Área Técnica y el Área de Apoyo.